Come lo sappiamo È iniziato a Wuhan

Ho rivisitato le prove del diffusione anticipata del virus nel 2019 e i primi casi confermati e sono arrivato a quello che penso sia il corso degli eventi più probabile per come è emerso il virus.

Per farla breve, sembra che il virus si stesse diffondendo a livello globale entro la seconda metà di novembre 2019. La parte difficile da capire era perché, se quell'inverno era in paesi di tutto il mondo, l'esplosivo i focolai sono iniziati solo a febbraio e marzo 2020.

Esaminando di nuovo in dettaglio i rapporti sull'emergenza del virus, sembra che ciò sia dovuto al fatto che il viaggio del virus dalla prima comparsa nell'autunno 2019 ai focolai esplosivi all'inizio del 2020 si è verificato in modo più lento e scaglionato di quanto ci si potrebbe aspettare da un semplice comprensione dei virus. Questo non perché il virus non fosse presente nei paesi prima di causare focolai esplosivi lì – questo è il presupposto semplicistico che è contraddetto dai dati – ma perché il virus non sempre provoca focolai esplosivi quando è presente.

Il nuovo virus simile alla SARS sembra aver iniziato a infettare gli esseri umani verso la fine di ottobre 2019. Questo era molto probabile a Wuhan. Si potrebbe suggerire che se il virus si fosse diffuso a livello globale nel novembre 2019, avrebbe potuto iniziare ovunque e il fatto che sia stato rilevato per la prima volta a Wuhan non implica nulla su dove sia iniziato.

Tuttavia, sembra che l'epidemia di dicembre a Wuhan, dove è stata rilevata per la prima volta, sia stata la più grande fino a quella data. Inoltre, il mese successivo Wuhan è stato il primo luogo a sperimentare un'epidemia esplosiva che ha messo a dura prova i servizi sanitari, alcune settimane prima di qualsiasi altro luogo. Il fatto che fosse in anticipo sulla curva in questi focolai più grandi è un forte indicatore del fatto che il virus era lì da più tempo ed è originariamente emerso lì.

Molecolare orologio studi, che analizzano la composizione genetica dei primi casi per calcolare quando era presente il loro antenato comune più recente, tendono a collocare l'emergenza del virus alla fine di ottobre o all'inizio di novembre, il che è coerente con la diffusione globale verso la fine di novembre. 

In Cina, A Rapporto governativo trapelato sui primi casi a Wuhan ha identificato nove pazienti ricoverati in ospedale nel novembre 2019 con quello che è stato successivamente confermato come COVID-19 (la prima data di insorgenza dei sintomi era il 17 novembre), sebbene questi non siano mai stati aggiunti al totale ufficiale. UN studio ha anche affermato di non trovare anticorpi neutralizzanti nei donatori di sangue di Wuhan da settembre a dicembre 2019, sebbene non sia chiaro quanto sia affidabile.

In Brasile, campioni di acque reflue in banca è diventato positivo il 27 novembre 2019, indicando una significativa diffusione nella comunità di SARS-CoV-2 alla fine del mese. È interessante notare che campioni dall'Italia in uno studio separato non è diventato positivo fino al 18 dicembre. Nessun positivo per acque reflue si è presentato prima di questo da nessuna parte (tranne un positivo anomalo per Barcelona nel marzo 2019 che è ampiamente ritenuto essere a falsi positivi).

In Inghilterra, Lo studio REACT di Imperial ha testato circa 150,000 persone per gli anticorpi all'inizio del 2021 e ha chiesto a coloro che sono risultati positivi quando ricordavano di avere sintomi. Ne è risultato il seguente grafico. 

Un notevole aumento della malattia sintomatica può essere visto dalla fine di novembre 2019 a un livello costante che continua per tutto l'inverno. Anche lo scoppio esplosivo della prima ondata alla fine di febbraio 2020 è chiaramente visibile. Questo grafico illustra chiaramente come il virus possa circolare per mesi a un livello basso (tre mesi in questo caso), anche durante la stagione influenzale invernale, prima che si verifichi un'epidemia esplosiva, apparentemente all'improvviso.

Non disponiamo di buoni dati dagli Stati Uniti sulla diffusione iniziale poiché il paese ha costantemente omesso di intraprendere studi su campioni di acque reflue immagazzinati o da individui, tranne uno Studio sugli anticorpi della Croce Rossa che ha trovato gli anticorpi a metà dicembre 2019 ma non ha esaminato i campioni precedenti né ha confermato con i test per l'RNA virale.

Tuttavia, non sono mancate le notizie dagli Stati Uniti che hanno raccontato le storie di diverse persone che si sono ammalate di una malattia simile al Covid nel novembre 2019 e successivamente sono risultate positive agli anticorpi Covid (quando nel frattempo non si erano ammalate). .

Questi individui includono Michele Melham del New Jersey, che riferisce di essere stato infettato insieme a molti altri in una conferenza intorno al 21 novembre 2019; Uf Tukel, che riferisce di essere stato infettato in Florida insieme ad altri 10 alla fine di novembre 2019; Stephen Taylor e sua moglie, contagiati in Texas nel novembre 2019; E Jim ruggine, infettato in Nebraska lo stesso mese. Bill Rice, Jr. ha raccolti insieme le storie dei media di questi primi casi statunitensi confermati da anticorpi. È da notare che nessuno di loro afferma di essere stato infettato prima di novembre.

Questa prova della diffusione di fine novembre in Cina, Brasile, Inghilterra e America è, credo, molto convincente; anche se uno o due dei casi risultassero sbagliati, non credo sia probabile che lo saranno tutti. Sono anche coerenti con le stime dei suddetti studi sull'orologio molecolare.

Questa evidenza suggerisce che il virus non si stava diffondendo a livello globale molto prima di questo. Ciò si basa sugli aspetti negativi degli studi sulle acque reflue, sui livelli trascurabili dello studio imperiale, sulla mancanza di americani che segnalano malattie e sull'assenza di pazienti in Cina. Gli studi che sembrano mostrare una diffusione globale precedente potrebbero essere dovuti alla reazione incrociata degli anticorpi o alla contaminazione del test PCR ad alto ingrandimento.

Questo ci consente di concludere che il virus si stava diffondendo a un livello basso in tutto il mondo alla fine di novembre 2019, ma probabilmente non molto prima. Quello che è successo dopo?

L'epidemia nel mercato di Huanan sembra essere iniziata intorno al 1° dicembre - questa è stata la prima data di insorgenza dei sintomi nel primo cluster di pazienti Covid confermati, che ha iniziato a essere ricoverato in ospedale il 16 dicembre. Questo focolaio sembra essere stato significativamente più grande di altri focolai fino a quel momento. Entro il 2 gennaio, 41 pazienti erano stati confermato come ricoverato in ospedale con un test Covid positivo insieme a polmonite e una caratteristica TAC del torace; sei di loro in seguito morirono.

È stato questo gruppo di ricoveri che ha portato almeno al rilevamento del virus nove campioni di questi pazienti sono stati inviati dai medici per l'analisi genomica tra il 24 dicembre e il 31 dicembre 2019. Il rilevamento del virus nell'epidemia di mercato umido sembra quindi essere stata una diretta conseguenza della gravità di tale epidemia: ha causato un numero significativamente maggiore di ricoveri rispetto ad altri focolai fino a quel momento e ha spinto un certo numero di medici in modo indipendente a inviare campioni per l'identificazione. Ciò ha reso praticamente inevitabile che venisse rilevato durante questo focolaio.

Detto questo, l'epidemia è stata molto piccola rispetto alla maggior parte delle ondate che abbiamo visto dal 2020, e in effetti rispetto a quanto accaduto in Cina il mese successivo. Guardando la curva dei decessi di Covid segnalati per la Cina nel 2020 indica che l'epidemia esplosiva nella regione non è realmente iniziata fino ai primi giorni di gennaio (contando indietro di circa 20 giorni).

Questo potrebbe spiegare perché c'era iniziale incertezza sull'esistenza di una trasmissione da uomo a uomo, mentre dal 14 gennaio stava diventando sempre più ovvio che c'era come si trovavano nel mezzo di un'ondata esplosiva per la prima volta. Probabilmente è stato anche il riconoscimento di questo focolaio esplosivo che ha spinto le autorità cinesi a imporre restrizioni a Wuhan dal 23 gennaio.

Stranamente, l'esplosiva epidemia di gennaio nella provincia di Hubei non è stata replicata in altre parti della Cina, che a questo punto sono state in gran parte lasciate indisturbate dal virus. Invece, il posto successivo dove vedere un'esplosione esplosiva è stato Corea del Sud, più di un mese dopo, a febbraio, e ancora una volta era stranamente limitato in gran parte a una città, Daegu. Era su una scala simile all'epidemia di Wuhan con un numero simile di morti.

Successivamente è stata la volta di Italia e l'Iran a sperimentare focolai esplosivi, a partire da metà febbraio. L'epidemia in Italia era ancora principalmente limitata a una parte del paese, sebbene la sua portata fosse al di là di qualsiasi cosa finora vista, e l'epidemia iraniana era di un grandezza simile. Poi seguirono New York e gli Stati Uniti nord-orientali, e anche Inghilterra, Francia e gran parte dell'Europa occidentale (sebbene non l'Europa orientale o gran parte del resto degli Stati Uniti). Tutti questi focolai erano molto più vicino alla scala italiana più ampia rispetto a quella cinese e sudcoreana. Altri luoghi hanno continuato con una diffusione di basso livello fino a quando non hanno avuto le loro prime ondate esplosive più tardi nel 2020, o in alcuni casi nel 2021 o addirittura nel 2022.

Ciò che mi colpisce di questo è come le dimensioni e la portata dei focolai siano aumentate gradualmente tra novembre 2019 e febbraio 2020. La diffusione a novembre 2019 era globale ma di basso livello. A dicembre, l'epidemia del mercato umido di Wuhan ha fatto un salto di qualità, determinando un numero maggiore di ricoveri e quindi il rilevamento del virus. Poi, a gennaio, Wuhan ha vissuto la prima esplosiva epidemia di Covid e un'ondata di morti. E a febbraio sono iniziate le grandi ondate europee e americane, aumentando la scala di diverse tacche, dove è rimasta in gran parte. (Omicron, quando è arrivato alla fine del 2021, ha aumentato ulteriormente le dimensioni dei focolai, ma ha ridotto notevolmente il tasso di mortalità.)

Ciò fornisce, credo, un quadro accurato di come è emerso il virus, attraverso un passaggio graduale verso focolai sempre più grandi da un inizio infausto di bassa diffusione a novembre. Questo movimento è, presumo, il risultato di mutazioni genetiche del virus, che ne alterano la trasmissibilità in popolazioni e contesti differenti – ipotesi in linea con le conclusioni di studi sull'orologio molecolare.

Possiamo quindi, credo, essere ragionevolmente fiduciosi che il virus sia emerso per la prima volta a Wuhan durante l'autunno 2019 e non sia stato rilevato solo lì, poiché Wuhan è stata la prima a sperimentare i focolai più grandi sia a dicembre che a gennaio, il che suggerisce che il virus era stato lì la più lunga.

Ristampato da DailySceptic